Cinkov prst

Grafički prikaz Cys2His2 motiva cinkovog prsta, koji se sastoji od α heliksa i antiparalelne β ravni. Jon cinka (zeleno) formira koordinatne veze sa dva histidina i dva cisteina.
Grafički prikaz proteina Zif268 (plavo) koji sadrži tri zinkova prsta u kompleksu sa DNK molekulom (narandžasto).

Cinkovi prsti su mali proteinski strukturni motivi koji mogu da formiraju koordinatne veze sa jednim ili više jona cinka čime se stabilizuje njihova struktura. Oni se mogu klasifikovati u nekoliko različitih strukturnih familija (proteina cinkovog prsta). Cinkovi prsti tipično funkcionišu kao moduli koji formiraju interakcije sa DNK, RNK, proteinima, ili malim molekulima. Ime „cinkov prst“ je originalno označavalo prstu slične pojave na dijagramima koji su prikazivali hipotetične strukture ponavljajućih jedinica Xenopus laevis transkripcionog faktora GTF3A.[1]

Klase

Cinkovi prsti su koordinatni kompleksi jona cinka i aminokiselinskih ostataka cisteina i histidina. Oni se mogu klasifikovati po tipu i redu ostataka koji koordiniraju cink (e.g., Cys2His2, Cys4, i Cys6). Sistematičniji metod je klasifikacija u različite grupe savijanja na osnovu sveukupnog oblika njihove proteinske osnove. Najčešće grupe savijanja cinkovih prstiju su Cys2His2-slični („klasični cinkov prst“), trostruki ključ, i cinkova traka.[2]

Sledeća tabela[2] pokazuje različite strukture i njihove ključne osobine:

Grupa Primer strukture Plasman liganda
Cys2His2 Dva liganda formiraju zglavak i dva dodatna formiraju C terminus heliksa.
Gag zglavak Dva liganda formiraju zglavak i dva dodatna formiraju kratki heliks ili petlju.
Trostruki ključ Dva liganda formiraju zglavak i dva dodatna formiraju N terminus heliksa.
Cinkova traka Dva liganda formiraju dva zglavka.
Zn2/Cys6 Dva liganda formiraju N terminus heliksa i dva dodatna formiraju petlju.
TAZ2 domenu sličan Dva liganda formiraju terminuse dva heliksa.

Reference

  1. ↑ Miller J, McLachlan AD, Klug A (June 1985). „Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes”. EMBO J. 4 (6): 1609–14. PMC 554390. PMID 4040853. 
  2. ↑ 2,0 2,1 Krishna SS, Majumdar I, Grishin NV (January 2003). „Structural classification of zinc fingers: survey and summary”. Nucleic Acids Res. 31 (2): 532–50. DOI:10.1093/nar/gkg161. PMC 140525. PMID 12527760. 

Vidi još

Spoljašnje veze

  • McDowall J. „Protein of the Month: Zinc Fingers”. European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI). Pristupljeno 13. 01. 2008. 
  • Goodsell DS. „Molecule of the Month: Zinc Fingers”. Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank (PDB). Arhivirano iz originala na datum 2008-05-31. Pristupljeno 13. 01. 2008. 
  • p
  • r
  • u
BAR • BIR • BZIP • CARD • C1 • C2 • DED • ENTH • FYVE • HEAT • Kringl • LIM • LRR • NACHT • PAS • PDZ • Pirin • PH • PX • SH2 • SH3 • SUN • TRIO • WD40 • Cinkov prst
  • p
  • r
  • u
  • p
  • r
  • u
(1) Osnovni domeni
(1.1) Osnovni leucin rajsferšlus (bZIP)
Aktivirajući transkripcioni faktor (AATF, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7) • AP-1 (c-Fos, FOSB, FOSL1, FOSL2, c-Jun, JUNB, JUND) • BACH (1, 2) • BATF • BLZF1 • C/EBP (α, β, γ, δ, ε, ζ) • CREB (1, 3, L1) • CREM • DBP • DDIT3 • GABPA • HLF • MAF (B, F, G, K) • NFE (2, L1, L2) • NFIL3 • NRL • NRF1 • XBP1
(1.2) Osnovni heliks-petlja-heliks (bHLH)
ATOH1 • AhR • AHRR • ARNT • ASCL1 • BHLHB2 • BMAL (ARNTL, ARNTL2) • CLOCK • EPAS1 • HAND (1, 2) • HES (5, 6) • HEY (1, 2, L) • HES1 • HIF (1A, 3A) • ID (1, 2, 3, 4) • LYL1 • MXD4 • MYCL1 • MYCN • Myogenic regulatorni faktori (MyoD, Myogenin, MYF5, MYF6) • Neurogenini (1, 2, 3) • NeuroD (1, 2) • NPAS (1, 2, 3) • OLIG (1, 2) • Pho4 • Scleraxis • TAL (1, 2) • Twist • USF1
(1.3) bHLH-ZIP
AP-4 • MAX • MITF • MNT • MLX • MXI1 • Myc • SREBP (1, 2)
(1.4) NF-1
NFI (A, B, C, X) • SMAD (R-SMAD (1, 2, 3, 5, 9) - I-SMAD (6, 7) - 4)
(1.5) RF-X
RFX (1, 2, 3, 4, 5, ANK)
(1.6) Osnovni heliks-razmak-heliks (bHSH)
AP-2 (α, β, γ, δ, ε)
  • p
  • r
  • u
(2) Cink prst DNA-vezujući domeni
(2.1) Nuklearni receptor (Cys4)
podfamilija 1 (Tiroidni hormon (α, β), CAR, FXR, LXR (α, β), PPAR (α, β/δ, γ), PXR, RAR (α, β, γ), ROR (α, β, γ), Rev-ErbA (α, β), VDR)
podfamilija 2 (COUP-TF (I, II), Ear-2, HNF4 (α, γ), PNR, RXR (α, β, γ), Testikularni receptor (2, 4), TLX)
podfamilija 3 (Steroidni hormon (Androgen, Estrogen (α, β), Glukokortikoid, Mineralokortikoid, Progesteron), Estrogen-vezani (α, β, γ))
podfamilija 4 NUR (NGFIB, NOR1, NURR1) • podfamilija 5 (LRH-1, SF1) • podfamilija 6 (GCNF) • podfamilija 0 (DAX1, SHP)
(2.2) Drugi Cys4
GATA (1, 2, 3, 4, 5, 6) • MTA (1, 2, 3) • TRPS1
(2.3) Cys2His2
Generalni transkripcioni faktori (TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF (1, 2), TFIIH (1, 2, 4, 2I, 3A, 3C1, 3C2))
ATBF1 • BCL (6, 11A, 11B) • CTCF • E4F1 • EGR (2, 3) • ERV3 • GFI1 • GLI-Kruppel familija (1, 2, 3, REST, S2, YY1) • HIC (1, 2) • HIVEP (1, 2, 3) • IKZF (1, 2, 3) • ILF (2, 3) • KLF (2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17) • MTF1 • MYT1 • OSR1 • SP (1, 2, 4, 7) • WT1 • Zbtb7 (7A, 7B) • ZBTB (16, 17, 20, 32, 33, 40) • cink prst (3, 7, 9, 10, 19, 22, 24, 33B, 34, 35, 41, 43, 44, 51, 74, 143, 146, 148, 165, 202, 217, 219, 238, 239, 259, 267, 268, 281, 295, 318, 330, 346, 350, 365, 366, 384, 423, 451, 452, 471, 593, 638, 649, 655)
(2.4) Cys6
HIVEP1
(2.5) Naizmenična kompozicija
AIRE • DIDO1 • GRLF1 • ING (1, 2, 4) • JARID (1A, 1B, 1C, 1D, 2) • JMJD1B
  • p
  • r
  • u
(3.1) Homeodomen
ARX • CDX (1, 2) • CRX • CUTL1 • DBX (1, 2)  • DLX (3, 4, 5) • EMX2 • EN (1, 2) • FHL (1, 2, 3) • HESX1 • HHEX • HLX • Homeobox (A1, A2, A3, A4, A5, A7, A9, A10, A11, A13, B1, B2, B3, B4, B5, B6, B7, B8, B9, B13, C4, C5, C6, C8, C9, C10, C11, C13, D1, D3, D4, D8, D9, D10, D11, D12, D13) • HOPX • IRX (1, 2, 3, 4, 5, 6, MKX) • LMX (1A, 1B) • MEIS (1, 2) • MEOX2 • MNX1 • MSX (1, 2) • NANOG • NKX (2-1, 2-2, 2-3, 2-5, 3-1, 3-2, 6-1, 6-2) • PBX (1, 2, 3) • PHF (1, 3, 6, 8, 10, 16, 17, 20, 21A) • PITX (1, 2, 3) • POU domen (PIT-1, BRN-3: A, B, C, Oktamer transkripcioni faktor: 1, 2, 3/4, 6, 7, 11) • OTX (1, 2) • PDX1 • ZEB (1, 2)
(3.2) Paired box
PAX (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9)
(3.3) Fork glava / winged heliks
E2F (1, 2, 3, 4, 5) • FOX proteini (C1, C2, D3, E1, G1, H1, K2, L2, M1, N3, O1, O3, O4, P1, P2, P3)
(3.4) Faktori toplotnog šoka
HSF (1, 2, 4)
(3.5) Triptofan klasteri
ELF (2, 4, 5) • EGF • ELK (1, 3, 4) • ERF • ERG • ETS (1, 2, SPIB) • ETV (1, 4, 5, 6) • FLI1 • Interferon regulatorni faktori (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8) • MYB • MYBL2
(3.6) TEA domen
transkripcioni pojačivač faktor (1, 2, 3, 4)
  • p
  • r
  • u
(4) β-Scaffold faktori sa manjim žljebnim kontaktima
(4.1) Rel homologni region
NF-κB (NFKB1, NFKB2, REL, RELA, RELB) • NFAT (C1, C2, C3, C4, 5)
(4.2) STAT
STAT (1, 2, 3, 4, 5, 6)
(4.3) p53
p53 • TBX (1, 2, 3, 5, 19, 21, 22, Brahiuri, TBR1)
(4.4) MADS kutija
Mef2 (A, B, C, D) • SRF
(4.6) TATA vezujući proteini
TBP • TBPL1
(4.7) Grupa visoke pokretljivosti
HMGB (1, 2, 3) • HNF (1A, 1B) • LEF1 • SOX (1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 18, 21) • SRY • SSRP1 • TCF (3, 4) • TOX (1, 2, 3, 4)
(4.10) Domen hladnog šoka
CSDA, YBX1
(4.11) Runt
CBF (CBFA2T2, CBFA2T3, RUNX1, RUNX2, RUNX3, RUNX1T1)
  • p
  • r
  • u
(0) Drugi transkripcioni faktori
(0.2) HMGI(Y)
HMGA (1, 2) • HBP1
(0.3) Džep domen
Rb • RBL1 • RBL2
(0.5) AP-2/EREBP-vezani faktori
Apetala 2 • EREBP • B3
(0.6) Razno
ARID (1A, 1B, 2, 3A, 3B, 4A) • CAP • IFI (16, 35) • MLL (2, 3, T1) • MNDA • NFY (A, B, C) • Ro/Sigma
vidi isto transkripcioni faktor/koregulator nedostataka