CHD4

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1MM2, 1MM3, 2EE1, 2L5U, 2L75, 4O9I, 2N5N

Ідентифікатори

Символи

CHD4, CHD-4, Mi-2b, Mi2-BETA, chromodomain helicase DNA binding protein 4, SIHIWES

Зовнішні ІД

OMIM: 603277 MGI: 1344380 HomoloGene: 68175 GeneCards: CHD4

Пов'язані генетичні захворювання

Sifrim-Hitz-Weiss syndrome^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • GO:0004003 DNA helicase activity • transcription factor binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleosomal DNA binding • hydrolase activity • ATP binding • histone deacetylase activity • histone deacetylase binding • zinc ion binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • NuRD complex • центросома • мембрана • нуклеоплазма • центр організації мікротрубочок • protein-DNA complex • цитоскелет • клітинне ядро • GO:0009327 protein-containing complex
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • terminal button organization • histone deacetylation • DNA duplex unwinding • regulation of signal transduction by p53 class mediator • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


1108


107932

Ensembl


ENSG00000111642


ENSMUSG00000063870

UniProt


Q14839


Q6PDQ2

RefSeq (мРНК)


NM_001273 NM_001297553 NM_001363606


NM_145979 NM_001346610

RefSeq (білок)


NP_001264 NP_001284482 NP_001350535

NP_001333539 NP_666091 NP_001390521 NP_001390522 NP_001390523
NP_001390524 NP_001390525 NP_001390526 NP_001390527

Локус (UCSC)

Хр. 12: 6.57 – 6.61 Mb

Хр. 6: 125.07 – 125.11 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

CHD4 (англ. Chromodomain helicase DNA binding protein 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 912 амінокислот, а молекулярна маса — 218 005^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MASGLGSPSP	CSAGSEEEDM	DALLNNSLPP	PHPENEEDPE	EDLSETETPK
LKKKKKPKKP	RDPKIPKSKR	QKKERMLLCR	QLGDSSGEGP	EFVEEEEEVA
LRSDSEGSDY	TPGKKKKKKL	GPKKEKKSKS	KRKEEEEEED	DDDDSKEPKS
SAQLLEDWGM	EDIDHVFSEE	DYRTLTNYKA	FSQFVRPLIA	AKNPKIAVSK
MMMVLGAKWR	EFSTNNPFKG	SSGASVAAAA	AAAVAVVESM	VTATEVAPPP
PPVEVPIRKA	KTKEGKGPNA	RRKPKGSPRV	PDAKKPKPKK	VAPLKIKLGG
FGSKRKRSSS	EDDDLDVESD	FDDASINSYS	VSDGSTSRSS	RSRKKLRTTK
KKKKGEEEVT	AVDGYETDHQ	DYCEVCQQGG	EIILCDTCPR	AYHMVCLDPD
MEKAPEGKWS	CPHCEKEGIQ	WEAKEDNSEG	EEILEEVGGD	LEEEDDHHME
FCRVCKDGGE	LLCCDTCPSS	YHIHCLNPPL	PEIPNGEWLC	PRCTCPALKG
KVQKILIWKW	GQPPSPTPVP	RPPDADPNTP	SPKPLEGRPE	RQFFVKWQGM
SYWHCSWVSE	LQLELHCQVM	FRNYQRKNDM	DEPPSGDFGG	DEEKSRKRKN
KDPKFAEMEE	RFYRYGIKPE	WMMIHRILNH	SVDKKGHVHY	LIKWRDLPYD
QASWESEDVE	IQDYDLFKQS	YWNHRELMRG	EEGRPGKKLK	KVKLRKLERP
PETPTVDPTV	KYERQPEYLD	ATGGTLHPYQ	MEGLNWLRFS	WAQGTDTILA
DEMGLGKTVQ	TAVFLYSLYK	EGHSKGPFLV	SAPLSTIINW	EREFEMWAPD
MYVVTYVGDK	DSRAIIRENE	FSFEDNAIRG	GKKASRMKKE	ASVKFHVLLT
SYELITIDMA	ILGSIDWACL	IVDEAHRLKN	NQSKFFRVLN	GYSLQHKLLL
TGTPLQNNLE	ELFHLLNFLT	PERFHNLEGF	LEEFADIAKE	DQIKKLHDML
GPHMLRRLKA	DVFKNMPSKT	ELIVRVELSP	MQKKYYKYIL	TRNFEALNAR
GGGNQVSLLN	VVMDLKKCCN	HPYLFPVAAM	EAPKMPNGMY	DGSALIRASG
KLLLLQKMLK	NLKEGGHRVL	IFSQMTKMLD	LLEDFLEHEG	YKYERIDGGI
TGNMRQEAID	RFNAPGAQQF	CFLLSTRAGG	LGINLATADT	VIIYDSDWNP
HNDIQAFSRA	HRIGQNKKVM	IYRFVTRASV	EERITQVAKK	KMMLTHLVVR
PGLGSKTGSM	SKQELDDILK	FGTEELFKDE	ATDGGGDNKE	GEDSSVIHYD
DKAIERLLDR	NQDETEDTEL	QGMNEYLSSF	KVAQYVVREE	EMGEEEEVER
EIIKQEESVD	PDYWEKLLRH	HYEQQQEDLA	RNLGKGKRIR	KQVNYNDGSQ
EDRDWQDDQS	DNQSDYSVAS	EEGDEDFDER	SEAPRRPSRK	GLRNDKDKPL
PPLLARVGGN	IEVLGFNARQ	RKAFLNAIMR	YGMPPQDAFT	TQWLVRDLRG
KSEKEFKAYV	SLFMRHLCEP	GADGAETFAD	GVPREGLSRQ	HVLTRIGVMS
LIRKKVQEFE	HVNGRWSMPE	LAEVEENKKM	SQPGSPSPKT	PTPSTPGDTQ
PNTPAPVPPA	EDGIKIEENS	LKEEESIEGE	KEVKSTAPET	AIECTQAPAP
ASEDEKVVVE	PPEGEEKVEK	AEVKERTEEP	METEPKGAAD	VEKVEEKSAI
DLTPIVVEDK	EEKKEEEEKK	EVMLQNGETP	KDLNDEKQKK	NIKQRFMFNI
ADGGFTELHS	LWQNEERAAT	VTKKTYEIWH	RRHDYWLLAG	IINHGYARWQ
DIQNDPRYAI	LNEPFKGEMN	RGNFLEIKNK	FLARRFKLLE	QALVIEEQLR
RAAYLNMSED	PSHPSMALNT	RFAEVECLAE	SHQHLSKESM	AGNKPANAVL
HKVLKQLEEL	LSDMKADVTR	LPATIARIPP	VAVRLQMSER	NILSRLANRA
PEPTPQQVAQ	QQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, цитоскелеті, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Tong J.K., Hassig C.A., Schnitzler G.R., Kingston R.E., Schreiber S.L. (1998). Chromatin deacetylation by an ATP-dependent nucleosome remodelling complex. Nature. 395: 917—921. PMID 9804427 DOI:10.1038/27699
Schmidt D.R., Schreiber S.L. (1999). Molecular association between ATR and two components of the nucleosome remodeling and deacetylating complex, HDAC2 and CHD4. Biochemistry. 38: 14711—14717. PMID 10545197 DOI:10.1021/bi991614n
Sillibourne J.E., Delaval B., Redick S., Sinha M., Doxsey S.J. (2007). Chromatin remodeling proteins interact with pericentrin to regulate centrosome integrity. Mol. Biol. Cell. 18: 3667—3680. PMID 17626165 DOI:10.1091/mbc.E06-07-0604
Yuce O., West S.C. (2013). Senataxin, defective in the neurodegenerative disorder ataxia with oculomotor apraxia 2, lies at the interface of transcription and the DNA damage response. Mol. Cell. Biol. 33: 406—417. PMID 23149945 DOI:10.1128/MCB.01195-12
Impens F., Radoshevich L., Cossart P., Ribet D. (2014). Mapping of SUMO sites and analysis of SUMOylation changes induced by external stimuli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111: 12432—12437. PMID 25114211 DOI:10.1073/pnas.1413825111

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з CHD4 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:1919 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q14839 (англ.) . Архів оригіналу за 16 жовтня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.