KDM5C

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2JRZ, 5FWJ

Ідентифікатори

Символи

KDM5C, DXS1272E, JARID1C, MRX13, MRXJ, MRXSCJ, MRXSJ, SMCX, XE169, lysine demethylase 5C

Зовнішні ІД

OMIM: 314690 MGI: 99781 HomoloGene: 79498 GeneCards: KDM5C

Пов'язані генетичні захворювання

syndromic X-linked intellectual disability Claes-Jensen type, X-linked intellectual disability^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • oxidoreductase activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone demethylase activity • zinc ion binding • histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity • methylated histone binding
Клітинна компонента	• клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • histone methyltransferase complex
Біологічний процес	• GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • ритмічний процес • response to toxic substance • histone H3-K4 demethylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific • ремоделювання хроматину
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


8242


20591

Ensembl


ENSG00000126012


ENSMUSG00000025332

UniProt


P41229


P41230

RefSeq (мРНК)

NM_001146702 NM_001282622 NM_004187 NM_001353978 NM_001353979
NM_001353981 NM_001353982 NM_001353984


NM_013668

RefSeq (білок)

NP_001140174 NP_001269551 NP_004178 NP_001340907 NP_001340908
NP_001340910 NP_001340911 NP_001340913

NP_038696 NP_001390000 NP_001390001 NP_001390002 NP_001390003
NP_001390004 NP_001390005

Локус (UCSC)

Хр. X: 53.18 – 53.23 Mb

Хр. X: 151.02 – 151.06 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

KDM5C (англ. Lysine demethylase 5C) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на X-хромосомі.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 560 амінокислот, а молекулярна маса — 175 720^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEPGSDDFLP	PPECPVFEPS	WAEFRDPLGY	IAKIRPIAEK	SGICKIRPPA
DWQPPFAVEV	DNFRFTPRIQ	RLNELEAQTR	VKLNYLDQIA	KFWEIQGSSL
KIPNVERRIL	DLYSLSKIVV	EEGGYEAICK	DRRWARVAQR	LNYPPGKNIG
SLLRSHYERI	VYPYEMYQSG	ANLVQCNTRP	FDNEEKDKEY	KPHSIPLRQS
VQPSKFNSYG	RRAKRLQPDP	EPTEEDIEKN	PELKKLQIYG	AGPKMMGLGL
MAKDKTLRKK	DKEGPECPPT	VVVKEELGGD	VKVESTSPKT	FLESKEELSH
SPEPCTKMTM	RLRRNHSNAQ	FIESYVCRMC	SRGDEDDKLL	LCDGCDDNYH
IFCLLPPLPE	IPKGVWRCPK	CVMAECKRPP	EAFGFEQATR	EYTLQSFGEM
ADSFKADYFN	MPVHMVPTEL	VEKEFWRLVN	SIEEDVTVEY	GADIHSKEFG
SGFPVSDSKR	HLTPEEEEYA	TSGWNLNVMP	VLEQSVLCHI	NADISGMKVP
WLYVGMVFSA	FCWHIEDHWS	YSINYLHWGE	PKTWYGVPSL	AAEHLEEVMK
KLTPELFDSQ	PDLLHQLVTL	MNPNTLMSHG	VPVVRTNQCA	GEFVITFPRA
YHSGFNQGYN	FAEAVNFCTA	DWLPAGRQCI	EHYRRLRRYC	VFSHEELICK
MAACPEKLDL	NLAAAVHKEM	FIMVQEERRL	RKALLEKGIT	EAEREAFELL
PDDERQCIKC	KTTCFLSALA	CYDCPDGLVC	LSHINDLCKC	SSSRQYLRYR
YTLDELPAML	HKLKVRAESF	DTWANKVRVA	LEVEDGRKRS	LEELRALESE
ARERRFPNSE	LLQQLKNCLS	EAEACVSRAL	GLVSGQEAGP	HRVAGLQMTL
TELRAFLDQM	NNLPCAMHQI	GDVKGVLEQV	EAYQAEAREA	LASLPSSPGL
LQSLLERGRQ	LGVEVPEAQQ	LQRQVEQARW	LDEVKRTLAP	SARRGTLAVM
RGLLVAGASV	APSPAVDKAQ	AELQELLTIA	ERWEEKAHLC	LEARQKHPPA
TLEAIIREAE	NIPVHLPNIQ	ALKEALAKAR	AWIADVDEIQ	NGDHYPCLDD
LEGLVAVGRD	LPVGLEELRQ	LELQVLTAHS	WREKASKTFL	KKNSCYTLLE
VLCPCADAGS	DSTKRSRWME	KELGLYKSDT	ELLGLSAQDL	RDPGSVIVAF
KEGEQKEKEG	ILQLRRTNSA	KPSPLASSST	ASSTTSICVC	GQVLAGAGAL
QCDLCQDWFH	GRCVSVPRLL	SSPRPNPTSS	PLLAWWEWDT	KFLCPLCMRS
RRPRLETILA	LLVALQRLPV	RLPEGEALQC	LTERAISWQG	RARQALASED
VTALLGRLAE	LRQRLQAEPR	PEEPPNYPAA	PASDPLREGS	GKDMPKVQGL
LENGDSVTSP	EKVAPEEGSG	KRDLELLSSL	LPQLTGPVLE	LPEATRAPLE
ELMMEGDLLE	VTLDENHSIW	QLLQAGQPPD	LERIRTLLEL	EKAERHGSRA
RGRALERRRR	RKVDRGGEGD	DPAREELEPK	RVRSSGPEAE	EVQEEEELEE
ETGGEGPPAP	IPTTGSPSTQ	ENQNGLEPAE	GTTSGPSAPF	STLTPRLHLP
CPQQPPQQQL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з KDM5C переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11114 (англ.) . Процитовано 13 вересня 2017.
↑ UniProt, P41229 (англ.) . Архів оригіналу за 5 жовтня 2017. Процитовано 13 вересня 2017.

Див. також

Хромосома X

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма